在高新認定工作當(dāng)中出現(xiàn)的問題大抵可以總結(jié)如下：
1.不理解、不清楚新政策。不少企業(yè)沒有關(guān)注新的高新認定標(biāo)準(zhǔn)，對于新的標(biāo)準(zhǔn)不太了解，在準(zhǔn)備資料的過程中，仍然按照往年的思路進行，結(jié)果資料不完備，從而導(dǎo)致無法通過認定。
2.不重視本次認定。部分企業(yè)員工受了一些培訓(xùn)機構(gòu)的講解后，認為資料準(zhǔn)備相對簡單，沒有系統(tǒng)的安排重新認定的準(zhǔn)備工作、投入足夠的人力，結(jié)果認定準(zhǔn)備混亂，資料無法體現(xiàn)企業(yè)材高新資質(zhì)，最終也無法通過認定。
3.企業(yè)內(nèi)部工作不能夠協(xié)調(diào)。高新認定工作涉及財務(wù)、技術(shù)、人力等諸多部門，由于事前未能統(tǒng)一理解高新認定的新標(biāo)準(zhǔn)，導(dǎo)致部門配合不協(xié)調(diào)，資料準(zhǔn)備不一致，拖延了申報的過程、甚至無法完成年度的申報。
二、自身資質(zhì)問題
在具體高新認定條件準(zhǔn)備中，我們發(fā)現(xiàn)企業(yè)自身資質(zhì)疑難點主要集中在以下幾個方面：
(一）技術(shù)性指標(biāo)不達標(biāo)
1.高新領(lǐng)域無法界定。
由于此次高新領(lǐng)域的調(diào)整，原有的部分領(lǐng)域被刪除或簡化，同時新的領(lǐng)域在某些部分存在含糊，比如第五大類的“高技術(shù)服務(wù)業(yè)”，規(guī)定甚為籠統(tǒng)。因此不少企業(yè)無法找到完全貼合企業(yè)產(chǎn)品或技術(shù)的領(lǐng)域，從而導(dǎo)致企業(yè)在申報時出現(xiàn)領(lǐng)域選擇不準(zhǔn)確而無法通過評審的情況。
2.核心自主知識產(chǎn)權(quán)缺乏。
由于中國專利保護力度仍然在完善當(dāng)中，當(dāng)企業(yè)擁有了行業(yè)領(lǐng)先的技術(shù)后，一般不太愿意進行公開專利申請。這就導(dǎo)致很多企業(yè)雖然具有符合高新領(lǐng)域的技術(shù)或產(chǎn)品，其相應(yīng)的技術(shù)等也的確達到國內(nèi)甚至國際領(lǐng)先水平，但囿于專利申請的限制，依然無法達到高新認定的要求。
3.項目歸集困難。
在本次新標(biāo)準(zhǔn)下，很多企業(yè)進行項目歸集時不能很好的描繪出符合高新領(lǐng)域的要素，導(dǎo)致研發(fā)項目不被評審專家所認可，從而使得該項目相關(guān)的費用等被扣除出研發(fā)費用，進而讓企業(yè)出現(xiàn)研發(fā)費用達不到比例的境況。
（二）財務(wù)性指標(biāo)不足
1.研發(fā)費用不足
對于研發(fā)費用歸集，財稅【2006】88號文，財企【2007】194號文均有相關(guān)規(guī)定，而本次工作指引最終設(shè)定的研發(fā)費用核算范圍與會計準(zhǔn)則并不一致，企業(yè)進行費用歸集的時候存在障礙，甚至不少進行專項審計的中介機構(gòu)在前期也無法明確研發(fā)費用的歸集，這在很大程度上拖延了企業(yè)材高新申報進程。在此，對研發(fā)費用的八個核算范圍詳列如下，以供參考：
（1）人員人工。從事研究開發(fā)活動人員（也稱研發(fā)人員）全年工資薪金，包括基本工資、獎金、津貼、補貼、年終加薪、加班工資以及與其任職或者受雇有關(guān)的其他支出。社會保險不被納入此項投入。
（2）直接投入。企業(yè)為實施研究開發(fā)項目而購買的原材料等相關(guān)支出。如：水和燃料（包括煤氣和電）使用費等；用于中間試驗和產(chǎn)品試制達不到固定資產(chǎn)標(biāo)準(zhǔn)的模具、樣品、樣機及一般測試手段購置費、試制產(chǎn)品的檢驗費等；用于研究開發(fā)活動的儀器設(shè)備的簡單維護費；以經(jīng)營租賃方式租入的固定資產(chǎn)發(fā)生的租賃費等。
（3）折舊費用與長期待攤費用。包括為執(zhí)行研究開發(fā)活動而購置的儀器和設(shè)備以及研究開發(fā)項目在用建筑物的折舊費用，包括研發(fā)設(shè)施改建、改裝、裝修和修理過程中發(fā)生的長期待攤費用。
（4）設(shè)計費用。為新產(chǎn)品和新工藝的構(gòu)思、開發(fā)和制造，進行工序、技術(shù)規(guī)范、操作特性方面的設(shè)計等發(fā)生的費用。
（5） 裝備調(diào)試費。主要包括工裝準(zhǔn)備過程中研究開發(fā)活動所發(fā)生的費用（如研制生產(chǎn)機器、模具和工具，改變生產(chǎn)和質(zhì)量控制程序，或制定新方法及標(biāo)準(zhǔn)等）。為大規(guī)模批量化和商業(yè)化生產(chǎn)所進行的常規(guī)性工裝準(zhǔn)備和工業(yè)工程發(fā)生的費用不能計入。
（6）無形資產(chǎn)攤銷。因研究開發(fā)活動需要購入的專有技術(shù)（包括專利、非專利發(fā)明、許可證、專有技術(shù)、設(shè)計和計算方法等）所發(fā)生的費用攤銷。
（7）委托外部研究開發(fā)費用。是指企業(yè)委托境內(nèi)其他企業(yè)、大學(xué)、研究機構(gòu)、轉(zhuǎn)制院所、技術(shù)專業(yè)服務(wù)機構(gòu)和境外機構(gòu)進行研究開發(fā)活動所發(fā)生的費用（項目成果為企業(yè)擁有，且與企業(yè)材主要經(jīng)營業(yè)務(wù)緊密相關(guān)）。委托外部研究開發(fā)費用的發(fā)生金額應(yīng)按照獨立交易原則確定。認定過程中，按照委托外部研究開發(fā)費用發(fā)生額的80％計入研發(fā)費用總額。
（8） 其他費用。如辦公費、通訊費、專利申請維護費、高新科技研發(fā)保險費等。此項費用一般不得超過研究開發(fā)總費用的10％，另有規(guī)定的除外。
2.高新收入達不到標(biāo)準(zhǔn)
企業(yè)高新產(chǎn)榀的收入一般容易核算。但一些從事高新技術(shù)服務(wù)的企業(yè)則存在問題，由于原有管理的缺失，許多企業(yè)材技術(shù)服務(wù)收入并未在技術(shù)市場進行登記，或登記的合同實際收入未滿總收入的60%。對于這一情況，在2008年度的認定工作中，各地機構(gòu)把握的尺度并不統(tǒng)一。以北京為例，科委要求該類企業(yè)在高新申報時必須提供登記合同，而其他很多地方則并沒有如此要求。但可以預(yù)見的是，在2009年隨著高新認定工作的進一步完善，技術(shù)服務(wù)收入的合同必須登記將成為高新申報的必備條件。
（三）其他指標(biāo)存在問題
在本次認定過程中，有不少企業(yè)組織管理水平欠缺。比較突出的就是許多原本就具有高新資格的企業(yè)并沒有相對完善的研發(fā)組織和管理制度，較多的采取的是粗放式管理，在準(zhǔn)備相關(guān)資料的時候未能較好的進行提煉整合，使得企業(yè)在此方面不能夠很好的得分。
此外，在科技與研發(fā)人員管理上，也有企業(yè)相對不完善，特別是一些科研院所轉(zhuǎn)制的企業(yè)，院企不分，導(dǎo)致科技與研發(fā)人員無法確定人數(shù)。
